增值税发票逾期不能抵扣的完整处理办法如下所示：
一、发票逾期抵扣，还有机会，国家税务总局公告2011年第50号《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》规定：
一、对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。（提醒注意：权限是国家税务总局）增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣 期限有关规定执行。
二、客观原因包括如下类型：
（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（三）有关司法、行政机关在办理业 务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；（大白菜 提醒：这一条是企业的救命稻草）
（六）国家税务总局规定的其他情形。
三、增值税一般纳税人因客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，可按照本公告附件《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法的规定，申请办理逾期抵扣手续。
评论：这是国家税务总局非常人性化的一个规定，虽然程序在实际运作时相当麻烦，但总算给纳税人了一个改正的机会！
二、收到国家税务总局的批复以后，如何操作呢？
首先我们在纳税申报表的表二《进项税明细》里录入批复允许抵扣的逾期进项税，其中的35行就包括了逾期抵扣的2份发票和1份当期的正常认证发票
但是抄税时会出现这样的提示：提醒比对通不过！与远程认证系统的数据不符！
怎么办？ 处理方法：让税局从后台， 办理强行比对通过就可以 了！
