事业单位应设置“事业基金”科目，核算事业基金的各项来源、运用和结存，并在该科目下设“一般基金”和“投资基金”两个明细科目。同时，专用基金分别核算各项专用基金的增减变动情况及结果。关于专用基金的会计分录和事业基金的会计分录过程是下述内容论述的重点。
一、专用基金的会计分录过程：
1.本科目核算事业单位按规定提取、设置的有专门用途的资金的收入、支出及结存情况。
2.事业单位专用基金的种类主要包括：职工福利基金、医疗基金、修购基金、住房基金等。
3.提取医疗基金时，借记“事业支出——社会保障费”、“经营支出——社会保障费”等科目，贷记“专用基金——医疗基金”科目。
提取修购基金时，借记“事业支出——修缮费、设备购置费”或“经营支出——修缮费、设备购置费”科目，贷记“专用基金——修购基金”科目;清理报废固定资产残值变价收入转入时，借记“银行存款”科目，贷记本科目;支付清理报废固定资产所发生的清理费用时，借记本科目，贷记“银行存款”科目。
年终，事业单位按规定比例从当年结余计提职工福利基金时，借记“结余分配——职工福利基金”等科目，贷记本科目。
事业单位收到各项住房基金收入(不包括个人缴纳的住房公积金)时，借记“银行存款”科目，贷记“专用基金——住房基金”科目。对于个人住房公积金缴存情况，单位应设置辅助账进行登记并核算其缴纳、使用及余存情况。
4.使用专用基金时，借记本科目，贷记“银行存款”等有关科目。
5.期末，本科目贷方余额为单位专用基金结存数。
6.本科目应按专用基金种类设明细账。
二、事业基金的会计分录过程：
第一，年末，将“非财政补助结余分配”科目余额结转至事业基金，借记或贷记“非财政补助结余分配”科目，贷记或借记“事业基金”科目;
第二，将留归本单位使用的非财政补助专项(项目已完成)剩余资金结转至事业基金，借记“非财政补助结转”科目，贷记“事业基金”科目。