目前，对企业转让代个人持有的限售股应由企业就转让限售股取得的收入，按国家税务总局公告2011第39号规定作为企业应税收入计算纳税。企业按规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税。但上述政策适用范围“因股权分置改革造成原由个人出资而由企业代持有的限售股”，对于其他原因的股份转让并未明确规定，我们理解在证券登记结算机构登记的企业为股权所有人的法律主体，企业应按规定对股权转让所得缴纳企业所得税，实际持有股权的个人应就股权转让所得缴纳个人所得税。
相关政策如下：
《企业所得税法实施条例》规定：
第十六条 企业所得税法第六条第（三）项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。
《国家税务总局关于企业转让上市公司限售股有关所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011第39号）规定：
根据企业所得税法第一条及其实施条例第三条的规定，转让限售股取得收入的企业（包括事业单位、社会团体、民办非企业单位等），为企业所得税的纳税义务人。
二、企业转让代个人持有的限售股征税问题
因股权分置改革造成原由个人出资而由企业代持有的限售股，企业在转让时按以下规定处理：
（一）企业转让上述限售股取得的收入，应作为企业应税收入计算纳税。
上述限售股转让收入扣除限售股原值和合理税费后的余额为该限售股转让所得。企业未能提供完整、真实的限售股原值凭证，不能准确计算该限售股原值的，主管税务机关一律按该限售股转让收入的15%，核定为该限售股原值和合理税费。
依照本条规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税。
（二）依法院判决、裁定等原因，通过证券登记结算公司，企业将其代持的个人限售股直接变更到实际所有人名下的，不视同转让限售股。
《印花税暂行条例实施细则》第十条规定，印花税只对税目税率表中列举的凭证和经财政部确定征税的其他凭证征税。
《财政部、国家税务总局关于证券交易印花税改为单边征收问题的通知》（财税明电〔2008〕2号）规定，经国务院批准，财政部、国家税务总局决定从2008年9月19日起，调整证券（股票）交易印花税征收方式，将现行的对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据按千分之一的税率对双方当事人征收证券（股票）交易印花税，调整为单边征税，即对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据的出让方按千分之一的税率征收证券（股票）交易印花税，对受让方不再征税。
依据上述规定，企业转让代持股也应按规定缴纳印花税。
