关于行政事业性收费如何缴纳营业税，纳税人一直比较模糊。营业税政策从税改之初到现行政策也已经历了几次变化，按照税改当初营业税政策的设计规定，行政事业性收费是否缴纳营业税，主要看其是否属于“应税行为”即可，但由于一些行政事业性收费是否属于“应税行为”很难判别，因此该政策在实际中可操作性差。
为了解决这一问题，1994年至1997年间，对行政事业性收费是否缴纳营业税又增设了两个条件，即：一是要行政机关直接收取，二是要有规定的收费标准。由于我国正处于计划经济向市场经济过渡的阶段，政府机关也从事一些商业性服务，而部分事业单位也代行一些行政管理职能。如果仅从单位性质来确定是否缴税，从政策上看不尽合理；从实际操作上看，不仅阻力大，还会带来一些副作用。
从1997年起，财政部、国家税务总局对行政事业收费征收营业税作了重大改变，按是否纳入预算管理来确定是否缴纳营业税。在具体操作上，采取列举不缴税名单的方法，凡是列入不缴税名单的一律不缴营业税，没有列入名单的则一律缴纳营业税，同时规定各省级财政、税务部门可以在本辖区范围内根据这一原则增列。
从现行行政事业性收费缴纳营业税的规定来看，行政事业性收费缴纳营业税的问题可以说基本上得到了解决，但是，在实际操作中还应注意以下几个方面的问题。
一、对列入不缴税名单但营业税税目明确要缴税的项目，仍要缴纳营业税。
按照国家财政管理方面的要求，行政事业单位的所有收费都必须纳入财政管理。按照这一规定，一些行政事业单位收取的电视台广告收入、交通部门车辆通行费收入等如果纳入了财政的预算管理则不属于营业税的征收范围，如果按照这一规定不缴营业税，就严重违反了《营业税暂行条例》和其细则的规定。为此，国家税务总局又特别强调，凡营业税税目税率中列明的缴税项目，以及过去在有关规定中曾强调过属于缴税范围的收费项目，如广播电视系统收取的广告费和收视费、交通部门收取的车辆通行费、公安部门收取的驾驶员培训费、工商部门收取的摊位费等，不论是否纳入预算管理，都应按税法的基本规定缴纳营业税。
二、对未列入不缴税名单的行政事业收费项目缴纳营业税时要慎重。
按照现行行政事业性收费缴纳营业税的规定，对列入不缴税名单的收费项目不缴税，而对未列入名单的收费项目的规定是：未纳入预算管理或财政专户管理的，一律照章缴纳营业税。所谓“照章”，应该是按《营业税暂行条例》的规定来缴税，凡是营业税规定的征税项目就应该缴纳，凡是营业税规定以外的不属于营业税应税劳务的项目，则不缴纳营业税，并不是所有没列入不缴税名单的收费项目都要缴纳营业税。
三、正确掌握各项行政事业性收费是否属于营业税提供应税劳务的范围。
未提供应税劳务的收费称之为管理性收费，提供了应税劳务的收费称之为服务性收费。要确定一项行政事业收费是否属于营业税提供应税劳务的范围，应看以下几个方面的内容：
（一）看收费目的。管理性收费，是国家为了全社会的共同利益，对某些单位或个人进行监督管理，以防止其对社会产生危害。在监督管理的过程中，为适当减少国家行政经费支出，而由管理机关向被管理者收取一定的费用。如公安机关对旅店业的管理，卫生部门对餐饮业的管理等等。可见管理性收费的目的，是国家对社会成员进行监督管理，以防止其对社会产生不良影响，而不是着眼于经济效益。而服务性收费是各单位向社会提供服务取得的经济补偿，追求经济效益是提供服务者的一个重要着眼点。
（二）看收费手段。管理性收费的收取单位，即使自身不是执法机关，也必然是执法机关授权或委托的部门。进行管理及其收费时，是凭借国家的权力，以国家的名义进行。没有国家权力作后盾，就寸步难行。而服务性收费，是依靠为对方提供良好的服务获取社会的承认。因此，管理性收费是凭借国家权力收取的费用，服务性收费是为对方提供服务取得的收入。
（三）看支付费用者。对支付管理性收费的单位或个人来说，接受谁的管理，向谁缴费是不能选择的。如某当事人起诉他人时，只能按国家规定向某地某一级法院提起诉讼，而不能任意选择那家法院。而支付服务性收费的单位或个人，接受谁的服务，向谁支付服务费用是可以选择的。例如诉讼案当事人可以任意选择一家律师事务所为其担任诉讼代理人。另外，从缴费者的心态来讲，接受管理并支付管理性收费，是国家规定的一项义务，可以说是被迫接受管理和支付款项的。而接受服务并支付服务性收费的单位，是自愿享受服务并支付款项的。
（四）看收费、交费双方的关系。管理性收费是一种强制行为，收费与交费者之间是管理与被管理的关系。而服务性收费的双方是契约关系，是等价交换关系。在收费价格上，管理性收费不能讨价还价，服务性收费则可以协商定价。
在实际操作中还会有些人为因素和客观因素混淆上述区别，例如一些管理人员在收取管理费时，存在随意确定收费标准、收“人情费”的情况。而另一些垄断经营的行业，其服务费标准由国家统一确定，无法协商定价。所以，不能将垄断经营行业的服务性收费误认为管理性收费，而应抛开那些被扭曲了的表面现象，看到事物的本质。应当认识到，凡是履行国家管理职能的收费，不论改革如何深入，都不可能存在竞争，而只是改善政府机关工作态度的问题。而服务性收费的收取单位，随着改革的深入和竞争机制的引入，即使目前尚处于垄断经营的行业，同业间的竞争也会逐渐产生。
