现行福利企业退税中，对加工费收入不予退税额的确定，各地在执行上都不一致，实际操作中更是各自按各自的方法计算，依据也不够充分，经不起推敲，同时也存在复诉或诉讼的较大风险。其表现形式主要有以下三种：
一、侵犯纳税人权益较重型。这种计算方法是对加工费收入一律按17%计算不予退税额，其辅助材料及相关可抵扣费用未能准确划分的一律不予抵扣。
二、适当抵扣型。即先按17%计算加工收入不予退税额，然后再计算可予抵扣的辅助材料及相关可抵扣费用的进项税额。2005年11月28日之前按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十三条之规定计算不得抵扣的进项税额，然后再计算出可抵扣的进项税额，2005年11月28日之后则按财税（2005）165号文第四条规定计算不得抵扣的进项税额，然后再计算出可抵扣的进项税额。
三、放宽政策型。即直接按照纳税相对人的当期总体税负水平计算确定加工费收入的不予退税额。
笔者以为：第一种情形，过分强调了依法行政，合法但不尽合理，未能考虑到纳税人的实际税负承受能力；第三种情形正好相反，带有明显的偏向纳税相对人的倾向，削弱了税收执法的刚性，并且将加工费净收入与产品销售收入放在同一税负下计算不予退税额，等于是将委托方发来验收入库的委托加工材料的进项税额，也作为可予抵扣的项目了，显然这是不妥的；而第二种情形，则较为合理，但在计算不予抵扣的综合进项税额的公式中，分子是加工费净收入，分母却是全部销售的毛收入与加工费净收入之和，这在统计分析口径上也明显地违背了数据的可比性原则，笔者认为，应将此公式中分子与分母中的加工费收入，再加上一笔委托加工材料的实际成本，也即换算成加工部分的模拟销售收入计算抵扣加工费收入的综合进项税额，方为公正。然而，如何才能做到基层实际操作中既合理又合法呢？
一、建议国家税务总局对财税字（2005）165号文第四项不得抵扣的进项税额的计算公式，涉及加工费收入的突别作出补充说明的规定。
二、基层责任区管理员应加强对福利企业委托加工产品会计核算的监督与辅导，对纳税人从委托方购进的委托加工材料，要专门设立辅助性明细帐，按户详细记录委托加工材料的收发存情况，使加工费发票开具情况与每户账面委托加工材料的核销情况相对应，真正做到既依法治税，又保障了纳税相对人的合法权益，同时也规避了税务行政复议与诉讼的风险。
