第一步：做好基础准备。汇算清缴前，纳税人应加强人才储备和知识储备，梳理各项税收政策，注重企业所得税相关知识的学习;关注税务机关办税服务厅、12366纳税服务热线等关于汇算清缴的要求，积极参加税务机关组织的培训会与辅导会，了解汇算清缴的工作程序和要求，掌握企业所得税相关政策规定;先期做好年度财务决算和财务审计工作，同时做好企业内部汇算清缴的培训和管理，提高汇算清缴整体管理质量和效率。
第二步：全面统筹汇缴。企业应及早制定汇算清缴计划，特别是跨地区经营汇总纳税企业总机构应要求分支机构提前进行纳税申报，为总机构汇总申报预留时间。同时，为了规范集团企业的汇算清缴工作，最好制定具体的操作手册。比如，为规范集团所得税汇算清缴管理，某企业就制定了《集团公司企业所得税汇算清缴管理手册》，归纳了该企业所属行业适用的汇算清缴政策，制定了汇算清缴绩效管理考核办法，值得大企业借鉴。
第三步：加强内部协调。年度纳税申报需要报备、审批的资料和年度纳税申报表填报调整的事项，几乎涉及纳税人的全部生产经营活动，需要企业税务管理部门协调内部各有关部门提供与汇算清缴有关的数据信息及资料，如人力资源管理、财务核算、费用报销、劳资、工会、福利、投资和审计等诸多部门。
第四步：研究新旧政策。由于涉及所得税的税收政策相对较多，每年还有一些最新出台的政策文件，税务机关在汇算清缴辅导时，不会面面俱到地梳理所有政策。企业应根据自己的行业特点，结合以往税务机关讲解的要点，深入研究与自身业务相关的税收政策以及主管税务机关具体执行的口径。
第五步：办理审批和备案事项。企业需要报经税务机关审批、审核或备案的事项，应按有关程序、时限和要求报送材料，在办理企业所得税年度纳税申报前及时办理。这些事项包括各类税收优惠审批、备案事项，资产损失税前扣除等申报事项及其他税前扣除的审批、审核或备案事项。企业应严格按照税收政策区分是否享受税收优惠或能否税前扣除，按照审批、备案事项的要件要求提供备案或附送资料，并注意申报数据和事项需要与企业在年度申报表及附表相一一对应。
第六步：审核相关票据。纳税人应该严格按照发票管理办法的规定、自查发票管理是否合规，注意未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除，未按规定取得发票的事项应及时补正。
第七步：集中解决政策难题。在所有所得税政策中，最复杂、最特殊、最容易带来风险的税收政策包括并购重组、股权交易、特别纳税调整、企业境外所得税收抵免、关联交易等事项，这些事项在汇算清缴时纳税人应格外注意。如果遇到税收政策难题，纳税人应主动与主管税务机关保持联络，关注主管税务机关对具体政策执行的尺度;遇到政策规定不清或理解有歧义时，应与主管税务机关及时联系，对该政策适用的确定性进行确认，并可向主管税务机关书面请示，并关注请示结果。
第八步：开展汇算清缴鉴证。目前，一些省市要求企业在汇算清缴工作中，提交税务师事务所出具的所得税汇算清缴鉴证报告，税务机关越来越重视利用《涉税鉴证报告》加强税收管理的工作。在实务中，一些中介机构在鉴证时只按申报表填表项目罗列一些数据，没有具体审核过程，政策依据等实质内容，使税务机关无法相信鉴证报告的真实性。基于此，纳税人应聘请真正有实力、负责人的中介机构开展此项工作。
第九步：填报年度纳税申报表。税务机关在汇算清缴结束后，一般会组织人员对年度纳税申报逻辑性和有关资料的完整性和准确性进行审核。因此，企业在填报企业所得税年度纳税申报表时，除应严格按照《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表及附表填报说明》要求，准确填报年度纳税申报表外，还应重点关注年度纳税申报表的逻辑性，有关资料的完整性和准确性，特别要关注以下项目。
1.纳税人企业所得税年度纳税申报表及其附表与企业财务报表有关项目的数字是否相符，各项目之间的逻辑关系是否对应，计算是否正确。
2.纳税人是否按规定弥补以前年度亏损额和结转以后年度待弥补的亏损额。
3.纳税人是否符合税收优惠条件，税收优惠的确认和申请是否符合规定程序。
4.纳税人税前扣除的财产损失是否真实，是否符合有关规定程序。
5.跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人，其分支机构税前扣除的财产损失是否由分支机构所在地主管税务机关出具证明。
6.纳税人企业所得税和其他各税种之间的数据是否相符、逻辑关系是否吻合。
第十步：报送纳税申报有关资料。纳税人办理企业所得税年度纳税申报时，除报送《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表及附表》、《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》外，应如实填写和报送下列有关资料：(一)企业所得税年度纳税申报表及其附表;(二)财务报表;(三)备案事项相关资料;(四)总机构及分支机构基本情况、分支机构征税方式、分支机构的预缴税情况;(五)委托中介机构代理纳税申报的，应出具双方签订的代理合同，并附送中介机构出具的包括纳税调整的项目、原因、依据、计算过程、调整金额等内容的报告;(六)涉及关联方业务往来的，同时报送《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》等。纳税人采用电子方式办理企业所得税年度纳税申报的，应按照有关规定保存有关资料或附报纸质纳税申报资料。
第十一步：关注退税要求。按照规定，主管税务机关应结合企业所得税预缴情况及日常征管情况，对企业报送的年度纳税申报表及其附表和其他有关资料进行初步审核后，按规定程序及时办理企业所得税补、退税或抵缴其下一年度应纳所得税款等事项。
