根据《厦门市国税局办税公开指南》，申请货物运输业增值税专用发票需要准备以下资料办理：
（1）增值税发票系统发票核定及调整
税务机关根据增值税纳税人的申请，核定其使用增值税发票系统开具的增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、增值税普通发票及机动车销售统一发票的票种、数量。或者按照已办理增值税发票核定的增值税纳税人的申请，根据其生产经营变化情况，对其使用增值税发票税控系统开具的增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、增值税普通发票和机动车销售统一发票用票量调整，以及变更增值税普通发票最高开票限额。
一、纳税人应提供主表、份数
《税控发票领购及最高开票限额核定申请审批表》 2份
二、纳税人应提供资料
1.领购发票经办人身份证明 ；
2.发票专用章印模；（初次核定时提供）
3.发票领用簿（调整时提供）
三、税务机关承诺时限
提供资料完整、填写内容准确、各项手续齐全，增值税发票在6个工作日内办结。
四、办理部门
全市任一办税服务厅（全市通办）
（2）增值税专用发票（增值税税控系统）最高开票限额审批及调整
税务机关根据增值税一般纳税人的申请，审批其开具增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票最高限额或者根据其生产经营变化情况，对其使用增值税发票税控系统开具增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票最高限额进行调整。
一、纳税人应提供主表、份数
《税控发票领购及最高开票限额核定申请审批表》，3份（初次审批3份，调整2份）
二、纳税人应提供资料
1、《税务行政许可申请表》
2、单笔销售业务、单台设备销售合同及其复印件和履行合同的证明材料；
三、税务机关承诺时限
报送资料齐全、填写内容准确、各项手续齐全，在7个工作日内办结。
四、办理部门
全市任一办税服务厅（全市通办）
另申请货物运输业增值税专用发票不用提供《道路货运运输经营许可证》。
