认证抵扣与发票是否申请、税控是否发行无关。你公司认定为一般纳税人之后,销售方(劳务或服务提供方)开具的增值税专用发票,可以认证抵扣,但若用于《增值税暂行条例》第十条及财税[2013]106号附件1第二十四条规定项目的除外。