增值税专用发票抵扣流程如下所示：
以下有两种认证办法可以用作增值税专用发票抵扣：
第一种认证办法：
（1）在取得增值税进项专用发票后，应在90天内进行认证
（2）上传待认证的发票:进入发票认证系统中的发票认证模块,点击网上认证按钮,上传待认证的发票(选中从电子申报软件或者扫描仪系统导出的待认证文件进行上传)
（3）等待认证结果:正常操作完成后,系统会提示文件已经被税务机关受理,等候认证结果
（4）认证结果查询：一般过30分钟之后，进入认证查询模块对发票进行状态的查询，输入查询条件后，系统会显示“查询发票认证结果-认证通过”这个界面，就会显示所上传认证的进项发票。
（5）认证结果下载：确认所有进项发票通过认证后要进入认证结果下载模块，对其认证结果进行下载并保存。下载保存的时候输入所属年月。（单击进入下载按钮，进入认证结果下载界面，点击下载按钮，将认证结果下载并保存到磁盘中）
（6）下载认证结果通知书：下载完认证结果后，单击“认证结果通知书下载”按钮，进入下载界面后，再单击“下载这里”进行下载并保存到磁盘。
（7）认证结果读入：每次认证完了之后，必须下载认证结果，将认证结果导回电子申报软件。操作原因：使电子申报系统和扫描系统能够识别已经认证通过的发票，在下次认证的时候就不会将已经认证过的发票再重复导出来。
备注:如果经过多次在网上认证仍然无法认证的话，应该在认证期限内到主管税局窗口进行认证。目前国税局网站上面暂时还不能直接在网站上面直接认证，只能从代理的机关部门购买认证系统（一年300元服务费，包括上门安装费）
第二种认证办法：
1、在取得增值税进项专用发票后，应在90天内进行认证
2、直接把需要认证的发票拿到税局的机子去进行认证，输入纳税人代码、纳税人密码进行认证，认证完之后打印认证结果清单。
备注：只有通过认证的发票进项税方可以抵扣。另外，非增值税专用发票的抵扣如：运输发票（7%抵扣），海关进口增值税发票的抵扣不能直接在网上认证，但需要采集数据，采集数据的方法也是在国税局网站下栽一个税务数据采集通用软件，将数据输入用U盘拷贝，在报税时带到国税局去抵扣。
报税流程，现在一般都是在网上申报。但需要把纸质报税资料送到税务局：
① 一般（1～10日）每月初为抄税期，抄税就是将金税卡插到与税控机连接的电脑上，打开开票软件点击抄税就可以了。
② 将进项税和销售发票清单打印出来：进项是从认证已经通过时打印，销售发票清单是从税控机中打印。
③ 根据打印清单填写各种报表，同时要有申报月份的会计报表。
