各单位所需固定资产，除了外购之外，还可以充分利用自有人力、物力自行建造，即称之为在建工程。在《企业会计制度》中为此专门设置了“在建工程”会计科目进行核算，工程支出发生时，借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”等科目；工程完工交付使用时，按实际工程支出借记“固定资产”科目，贷记“在建工程”科目。而在《事业单位会计制度》中未设置相应的会计科目，进行基建业务的核算。
事业单位基建会计核算游离于本单位会计核算体系之外：先由建设单位完成基本建设业务，项目竣工决算后再移交给使用单位。另设基建会计账户进行反映，这种分离的核算方式会导致一系列问题：
1.在单位核算体系之外，另设一套基建账并出具相应的财务报告，既增加了核算工作量，又使单位无法形成一套完整的核算体系，影响了会计信息的完整性。
2.由于《事业单位会计制度》对基本建设业务核算没有一个明确的规范，使其核算处于无章可循、无法可依的状态，一些单位乘机把一些超预算、违反财经法规的支出，也在基建账户中列支；把一些收入存入基建账户，设立“小金库”逃避纳税等。
为了加强事业单位基建业务的核算与管理，可以参照《企业会计制度》设置“在建工程”科目，核算外购需要安装的工程、基建工程、技术改造工程等发生的实际支出，待工程完工后再结转“固定资产”科目，这既能满足事业单位的实际需要，又能保证事业单位会计核算体系的完整性。
