根据前面的税收政策评判，我国现有税法对同一个项目有普通住宅又有非普通住宅，要享受普通住宅免土地增值税的税收待遇，只明确要求分开核算增值额，而对如何计算土地增值税没有具体规定，在实际土地增值税征收计算中，有两种土地增值税计算方法：一种是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按面积分别核算增值额，计算土地增值税;另一种是先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。结合本案例，现将两种计算方法分别阐述如下。
方法一：按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算增值额，计算土地增值税。
扣除项目=土地成本+房屋开发成本+费用扣除10%+加计扣除20%+税金=120+600+(120+600)×10%+(120+600)×20%+55=991(万元)。
增值额=收入-扣除项目=(500+500)-991=9(万元)。
增值率=增值额÷扣除项目×100%=9÷991×100%=0.9%。低于50%，适用30%的税率。
由于增值率未超过20%，因此5000平方米普通标准住宅免土地增值税。
商铺应纳的土地增值税=9×1000÷6000×30%=0.45(万元)。
方法二：先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
普通标准住宅扣除项目=120×5000÷6000+600×5000÷6000+(100+500)×30%+27.5=807.5(万元)(除税金及附加外其他按面积分摊)。
普通标准住宅增值额=500-807.5=-307.5(万元)，无增值额。
商铺扣除项目=120×1000÷6000+600×1000÷6000+(20+100)×30%+27.5=183.5(万元);
商铺增值额=500-183.5=316.5(万元);
商铺增值率=316.5÷183.5×100%=172%，适用50%的税率。
商铺应纳土地增值税=316.5×50%-183.5×15%=130.725(万元)。
由此可见，两种方法计算相差悬殊，按第一种方法应纳的土地增值税为0.45万元，按第二种方法应纳土地增值税为130.725万元。
到底应该选择方法一还是选择方法二呢?对于企业来讲，应该选择方法一可以使企业节省130.275万元土地增值税(130.725万元-0.45)，对于需要及时完成税收任务的税务机关来讲，更倾向与按照方法二进行计算土地增值税。
