国有商业银行股改上市后，随着公司治理结构的不断深化，其所有权、经营权以及资本结构都发生重大变化。内部审计作为业务经营监督的重要部门，其职能已由财务审计向效益审计和管理审计转型，从传统审计向现代审计转型，从事后审计向事前事中审计转型，从强调监督和查处，走向促进管理者提高管理能力。相应国有商业银行内审的重点也将由单纯的合规性审计转向风险导向审计、经济责任审计、制度和流程缺陷审计、经营管理审计和经济效益审计。
（一）以维护股东权益为重点，全面开展经营管理审计。国有商业银行股改上市后，维护股东权益最大化是银行经营的主要目标。内部审计工作的重点应主要围绕公司治理机制的建设，从传统的揭示操作风险向重点揭示管理风险转变，自上而下的开展经营管理审计。通过检查各级行建立并遵循相关制度、程序，以及预期效率、效果目标情况，验证银行既定制度、程序、目标的适用性，以评价管理层在经营决策的准确性、合理性和科学性。
（二）以追求利润最大化为目标，积极开展经济效益审计。随着国有商业银行公司治理的不断完善，业务经营管理日益规范，健康的企业文化逐步形成，以及专职合规部门的设立，以往重点对合规风险的监管在内部审计中将逐步减少。审计工作重心将由传统的合规性审计转向经济效益审计。经济效益审计是针对各行所处的经济环境、业务经营现状等各种经营要素，对其经营管理活动的效率、效果和效益状况进行审计分析，做出客观的判断与评价，并通过提出合理化审计建议，促进其提高人财物等各项资源的合理配置和有效利用，不断增强盈利能力。通过开展经济效益审计，挖掘经营管理中优良的运行模式和先进经验，在经济状况条件类似的地区推广，最终实现经济效益最大化。
（三）以识别、控制与化解风险为目的,创新开展风险导向审计。针对加强全行风险管理的需要，作为内部审计部门如何将审计方法由传统的合规性审计向以加强和改善组织风险管理为目标的风险导向审计转变，已成为当前亟须解决的问题。国有商业银行内部审计工作必须适应金融形势的发展和变化，大力推行风险导向审计。通过风险程度识别和评估程序，确定审计检查发现问题风险程度，分析评估各机构层面、业务品种风险管理状况和风险集中度。据此制订审计工作计划；进行现场审计项目的符合性测试和实质性测试，并进行监督检查和评价，提出建设性意见和建议；分类指导问题整改和后续审计。应用风险导向审计方法，能使内部审计通过风险评估的结果、建议，直接影响经营政策的制定，确保风险管理目标与业务发展目标的一致性，力求从源头上加强风险管理，真正做到“风险先行”。
（四）以对经营业绩的鉴证、咨询为导向，定期开展领导干部任期经济责任审计。内审的一项重要职能是开展鉴证审计,除主要监督银行及时准确披露与银行经营决策重大问题有关信息外，还体现对高管人员的任期经济责任审计。任期经济责任审计既包括合规性、合法性审查，也包括经济性、效率性和效果性的评价，成为集传统合规性审计与绩效审计为一体的综合性审计项目，审计对象和内容既是对个人更是对单位的业绩评价。经济责任审计是对领导干部任职期间的单位经营业绩、财务收支、重大经营决策、内部控制执行、个人经济责任等情况进行全面审查和评价，通过定量分析领导干部的工作绩效，正确评价其是否履行了相应的经济责任。它是对领导干部素质的综合评价，是解除领导干部受托责任的重要机制。经济责任审计报告要遵循相关性、重要性、全面性原则、谨慎性原则和利用现有审计检查成果的原则，使之成为向组织部门考核、任免、选用领导干部的重要参考依据。
（五）以揭示、反映经营管理和内部运作中存在的问题、风险弊端、制度缺陷及不足为重点，广泛开展流程缺陷审计。“流程缺陷审计”是在充分理解银行业务流程的前提下，通过规范化的手段，评价银行风险管理、内部控制和治理程序，发现影响银行控制管理和运作效率的不利因素，提出改进建议，为组织增加价值。目前，国有商业银行各项业务发展大多采取以部门为中心的经营管理机制，在部门本位主义、利益关系的制约下，不同程度存在一定问题，以致在市场营销、客户服务、产品创新、交易处理、风险管理、内部协调等方面存在种种冲突和弊端，经营效率和管理效率都将大打折扣。作为独立于业务经营的审计部门有利于其对流程缺陷的主动和充分揭示，有利于其发现制度和流程缺陷。因此，在国有商业银行新的公司治理机制下，流程缺陷审计不失为增加股东价值的一种好的审计方式。流程缺陷审计应重点关注流程链条是否过长、烦琐，是否适应市场以及内外部客户需要，是否合理、经济、高效，流程设计是否把握了业务发展和风险的平衡关系。流程审计应从以下三个方面分析现行业务流程的问题：
一是寻找现有流程中增加管理成本的主要原因，组织结构设计不合理的环节，分析现存业务流程的功能、制约因素以及表现的关键问题；
二是根据市场、业务、技术变化的特点及银行的现实情况，分清问题的轻重缓急，提出业务流程再造的切入点；
三是根据市场的发展趋势以及客户对产品、服务需求的变化，对业务流程关键环节以及各环节的重要性重新定位、排序、删减提出建设性意见和建议。
