利改税的缺陷如下所示：
“利改税”在指导思想上企图通过税收一种分配形式来处理国家与国有企业的分配关系，强调了国家的社会管理者身份，忽视了国家的资产所有者身份；
强调了国家所拥有的政治权力，忽视了国家所拥有的经济权力；
强调了税收形式的地位，忽视乃至否定了利润上缴形式存在的合理性和必然性，事实上混淆了国家对于国有企业所具有的双重身份、拥有的双重权力，混淆了“税”和“利”两种性质不同的分配形式。
虽然“利改税”之前的国有企业利润分配制度过于强调利润上缴形式的重要性而否定税收分配形式的合理性存在严重的局限，但“利改税”对它的修正却走向了另一个极端，即过于强调税收分配形式的重要性，而否定了利润上缴形式存在的必然性。
因此，“利改税”及其以前的国有企业利润分配制度都未能科学合理地处理国家与国有企业之间的分配关系。
