随着农村合作医疗的发展，受报销比例等因素的影响，县、乡两级医疗机构就诊人员不断增加。为降低成本，有条件的医疗机构也相继办起了制剂室，药品产量也不断增加，因此，有必要对相关的增值税政策进行了解。
根据《财政部、国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）规定，医疗机构自产自用的制剂免征增值税。但执行这一政策需要注意3点：
1、享受制剂免征增值税政策的医疗机构是指各级各类医院、门诊部（所）、社区卫生服务中心（站）、急救中心（站）、城乡卫生院、护理院（所）、疗养院、临床检验中心等单位，除此之外，其他单位生产的制剂不享受免征增值税优惠政策。
2、免征增值税的范围仅限于医疗机构自产自用的制剂，销售给其他医疗机构或药品零售企业的制剂不享受免征增值税优惠政策。
3、上述医疗机构销售（使用）制剂的明细账应按使用和购买单位设置，详细核算自用和外销情况，不详细核算的，其自用部分也应依法缴纳增值税。
例如，某县医院制剂室2009年上半年共生产500毫升10%葡萄糖注射液35000瓶、500毫升0.9%氯化纳注射液30000瓶，其中内部使用葡萄糖注射液20000瓶、氯化纳注射液18000瓶，销售给乡镇卫生院和医药零售商店葡萄糖注射液15000瓶、氯化纳注射液12000瓶，价税合计价格均为2元/瓶。
则该县医院2009年上半年对外销售制剂应缴纳的增值税为（15000＋12000）×2÷（1＋3%）×3%＝1572.816（元）。
