存货损失的申报方式确定后，接下来就是要准确核定损失金额，确定税前扣除金额，以便正确计算企业所得税。国家税务总局公告2011年第25号对不同情况下存货损失的金额核定方法作出了详细规定。
存货盘亏损失，为其盘亏金额扣除责任人赔偿后的余额。应依据以下证据材料确认：存货计税成本确定依据;企业内部有关责任认定、责任人赔偿说明和内部核批文件;存货盘点表;存货保管人对于盘亏的情况说明。
存货报废、毁损或变质损失，为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额。应依据以下证据材料确认：存货计税成本的确定依据;企业内部关于存货报废、毁损、变质、残值情况说明及核销资料;涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明;该项损失数额较大的(指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上，下同)，应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。
存货被盗损失，为其计税成本扣除保险理赔以及责任人赔偿后的余额。应依据以下证据材料确认：存货计税成本的确定依据;向公安机关的报案记录;涉及责任人和保险公司赔偿的，应有赔偿情况说明等。因此，当企业发生存货损失时，应当按照存货损失的种类，选择正确的申报方式，准确计算税前扣除额，确保企业所得税申报正确。
