全面预算管理要求企业所有部门、全部人员的共同参与，因此，建设有效的全面预算管理机构，搭建预算管理责任网络，是全面预算管理顺利开展的组织保证。全面预算机构一般分设为决策机构、办事机构和执行机构三个层次，在全面预算实行过程中有不同的功能，发挥不同的作用。
1、决策机构：全面预算管理委员会，一般由企业的董事长或总经理任主任委员，吸纳企业内各相关部门的主管，如主管销售的副总经理、主管生产的副总经理、主管财务的副总经理等，并设预算管理委员会秘书长。全面预算管理委员会是最高决策机构，从公司经营层角度领导全面预算管理工作的开展；预算管理委员会的主要职责是组织有关人员对目标进行预测，审查、研究、协调各种预算事项。
2、办事机构：全面预算管理职能部门，为常设办事机构，一般由财务部、计划部或二者联合承担，全面预算管理委员会秘书长作为负责人。职能部门负责处理与预算相关的日常事务，协助管理各部门预算信息资料的搜集和整理，全面预算管理委员会与各部门的沟通、协调，预算汇总、编制、调整、监控。
3、执行机构：各全面预算责任部门，全面预算编制、调整、执行以及考核的主体，按照部门的职能和在企业中的地位，可以分为成本中心、利润中心等，设置预算指标体系分别进行管理。
