一、根据《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号)规定：“购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。”
二、根据《国家税务总局关于建立增值税失控发票快速反应机制的通知》(国税发〔2004〕123号)规定：“三、业务流程
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(七)双向比对
1.纳税人持抵扣联到税务机关认证时，系统自动将认证的抵扣联数据与失控发票数据进行自动比对，属于失控发票的，系统将提示认证结果为“认证时失控发票”。认证岗位人员应立即扣留纸质发票，将纸质发票复印件及《认证结果通知书》于当日转稽查部门。“认证时失控发票”单独生成电子信息通过软盘移交稽查部门处理。
纳税人使用增值税专用发票抵扣联信息企业端采集系统通过网络进行抵扣联认证(以下简称“网上认证”)时，认证结果下发后系统自动将认证的抵扣联数据与失控发票数据进行自动比对，属于失控发票的，系统将认证结果记录为“认证时失控发票”。认证岗位人员应于2个工作日内通知纳税人将抵扣联原件报税务机关，并于扣留纸质发票的当日将纸质发票复印件及《认证结果通知书》转稽查部门。“认证时失控发票”生成电子信息通过软盘移交稽查部门处理。
2.通过每天新增的失控发票数据、撤消失控发票数据与前期已认证相符的抵扣联数据自动比对，发现属于失控发票的抵扣联，系统将认证结果记录为“认证后失控发票”。认证岗位人员应于2个工作日内通知纳税人将抵扣联原件报税务机关，并于扣留纸质发票并追回已抵扣税款后的当日将纸质发票复印件及《认证结果通知书》转稽查部门。“认证后失控发票”生成电子信息通过软盘移交稽查部门处理。”
