研发费加计扣除的优惠政策，并不是适用于所有企业，根据《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕116号）第二条“本办法适用于财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业。”的规定，也就是说，研发费加计扣除的优惠政策只适用于财务核算健全并能准确归集研发费用的居民企业，因此有3类企业不能享受加计扣除研发费的优惠：1.非居民企业；2.核定征收企业；3.财务核算不健全、不能准确归集研究开发费用的企业。那么这三类企业在所得税汇算清缴的时候就不能申报加计扣除研发费用。
根据该扣除管理办法的规定，申请加计扣除不需要事前在税务机关办理行政许可、备案、审批等手续，仅需要在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，按照规定报送有关资料，即可自行申报加计扣除研发费用。由此可以看出，对研发费用的加计扣除属于一种自主申报式的扣除，但是，企业不能因此就随意申报加计扣除，企业还应当对照加计扣除对象的适用范围，对不属于加计扣除对象范围的企业，就不能盲目申报加计扣除研发费用，以免给事后税务检查遗留下涉税的风险。
