根据《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第57号，以下简称57号公告）规定，增值税小规模纳税人和营业税纳税人，月销售额或营业额不超过3万元（按季度申报为9万元）的，免征增值税或营业税。如果增值税小规模纳税人在税务机关代开增值税专用发票，该如何享受小微企业免征增值税的政策，以下分三种情况以案例的形式进行说明。
例一：某增值税小规模纳税人，按季度申报增值税。某季度在税务机关代开增值税专用发票，不含税销售额1万元，代开时即缴纳增值税0.03万元。除此之外，通过税控器开具的增值税普通发票，不含税金额7万，增值税额0.21万。
该季度不含税销售额为1+7=8万，不超过9万元，因此可以享受免征增值税的优惠政策。通过税控器开具的普通发票销售额7万元，可以享受免增值税政策。代开的增值税专用发票已经缴纳的增值税，不能享受免税政策。该季度合计缴纳增值税0.03万元。
例二：某增值税小规模纳税人，按季度申报增值税。某季度在税务机关代开增值税专用发票不含税销售额1万元，代开时即缴纳增值税0.03万元。除此之外，通过税控器开具的增值税普通发票，不含税金额8.5万元，增值税额0.255万元。
该季度不含税销售额为1+8.5=9.5万元，不能享受优惠政策，其中的代开发票1万元，增值税额0.03万元在代开时已经纳税。税控器开具的普通发票8.5万元，应缴纳增值税0.255万元，该季度合计应缴纳增值税为0.03+0.255=0.285万元。
例三：某增值税小规模纳税人，按季度申报增值税。某季度在税务机关代开增值税专用发票不含税销售额1万元，代开时即缴纳增值税0.03万元。除此之外，通过税控器开具的增值税普通发票，不含税金额8.5万元，增值税额0.255万元。代开的增值税专用发票因某种原因作废，发票尚未交付受票方。
根据57号公告规定，增值税小规模纳税人月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的，当期因代开增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。
因此，代开的增值税专用发票尚未交付受票方，在代开税务机关进行作废处理，因此已经缴纳的增值税额0.03万元可以申请退还。在实务中，鉴于退税的手续较为复杂，有的地区税务机关可能将应退税额做抵减处理，这个要注意各地不同的处理方式。
同时，因为代开的增值税专用发票作废，因此本季度不含税销售额变为8.5万元，符合小微企业免增值税的政策，因此，该季度应纳增值税额为0.
总结：
1、代开增值税专用发票的不含税销售额，需要参与到小微企业是否超过免增值税的限额内；
2、即使当期全部销售额符合小微企业免增值税的限额，但代开的增值税专用发票仍然需要纳税；
3、代开的增值税专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。
